产品货号:
ALH074
中文名称:
石蜡包埋组织miRNA提取试剂盒
英文名称:
Paraffin Embedded Tissues microRNA Extraction Kit
产品规格:
50次
发货周期:
1~3天
产品价格:
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本试剂盒适用于快速从福尔马林固定、石蜡包埋组织样品中提取RNA包括microRNA,RNA可直接用于反转录PCR,荧光定量PCR。
本试剂盒采用独特的裂解液/蛋白酶K迅速裂解细胞释放出RNA,然后裂解混合物通过一个基因组DNA清除柱,基因组DNA被清除而RNA穿透滤过。滤过的RNA用乙醇调节结合条件后,RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜,再通过一系列快速的漂洗-离心的步骤,去蛋白液和漂洗液将细胞代谢物,蛋白等杂质去除,最后低盐的RNase free H20将纯净RNA从硅基质膜上洗脱。
- 完全不使用有毒的苯酚,氯仿等试剂,也不需要乙醇沉淀等步骤。
- 快速,简捷,单个样品RNA提取操作一般可在1小时内完成。
- 试剂盒的独特基因组清除柱和配方确保有效清除基因组DNA残留,一般情况下得到的RNA不需要DNase消化,可直接用于反转录PCR、荧光定量PCR等实验。
- 多次柱漂洗确保RNA高纯度,可直接用于下游各种实验。
组分 | 规格 |
裂解液PKD | 15mL |
结合液RBC | 25mL |
漂洗液RW | 10mL |
蛋白酶K粉 | 20mg |
RNase-free H2O | 10mL |
基因组DNA清除柱和收集管 | 50套 |
RNA吸附柱RA和收集管 | 50套 |
保存:室温,有效期9个月。
- 所有的溶液应该是澄清的,如果环境温度低时溶液可能形成沉淀,此时不应该直接使用,可在37℃水浴加热几分钟,即可恢复澄清。
- 不合适的储存于低温(4℃或者-20℃)会造成溶液沉淀,影响使用效果,因此运输和储存均在室温下(15℃~25℃)进行。
- 为避免降低活性,方便运输,提供蛋白酶K为冻干粉状,收到后,可短暂离心后,加入0.5毫升灭菌水溶解。因为反复冻融可能会降低酶活性,因此溶解后立即按照每次使用量)分装冻存,-20℃保存。
- 避免试剂长时间暴露于空气中产生挥发、氧化、PH值变化,各溶液使用后应及时盖紧盖子。
- 所有的离心步骤均在室温完成,使用转速可以达到13000rpm的传统台式离心机,如Eppendorf 5415C或者类似离心机。
- 样品处理量绝对不要超过基因组DNA清除柱和RNA吸附柱RA处理能力,否则造成DNA残留或者产量降低。不同组织细胞种类RNA/DNA相差极大,例如胸腺脾脏DNA含量丰富,超过5mg就会超过柱子处理能力。COS细胞RNA含量丰富,超过3×106细胞就会超过柱子吸附能力。所以开始摸索实验条件时,如果不清楚样品DNA/RNA含量时宁可使用较少的样品处理量,如不超过2个10μm厚度石蜡切片。将来根据样品试验情况增加或者减少处理量。
- 裂解液PKD、结合液RBC中含有刺激性化合物,操作时要戴乳胶手套,避免沾染皮肤,眼睛和衣服。若沾染皮肤、眼睛时,要用大量清水或者生理盐水冲洗。
- 第一次使用前请先在漂洗液RW瓶中加入指定量无水乙醇!
- 修整去除过量包埋组织外石蜡,并切片成10~20μm厚切片。
切片厚度必须≥10μm,否则太薄会切碎细胞,造成脱蜡过程中microRNA丢失。 - 收集总厚度不超过■40μm的石蜡切片到一个1.5~2mL离心管(例如2片20μm、4片10μm的石蜡切片),或者不超过▲80μm的石蜡切片到一个2mL离心管。
■代表处理切片总厚度≤40μm,▲代表处理切片总厚度≤80μm。 - 加入1mL 100%二甲苯,涡旋振荡10秒。瞬间离心把组织全部浸入到二甲苯。
- 50℃水浴3分钟熔解石蜡,20~25℃最高速离心2分钟,收集组织到管底。
- 小心用移液器吸弃上清二甲苯,注意不要吸到沉淀。
- 加入1mL无水乙醇,涡旋振荡,最高速离心2分钟,小心吸弃上清乙醇。
- 加入1mL无水乙醇,重复步骤6一遍,尽可能吸弃所有乙醇。
- 室温或者37℃晾干乙醇10分钟或直到所有乙醇挥发干。
- 乙醇完全晾干非常重要,微量的乙醇残留也会导致RNA产量降低。
- 吹打或者涡旋振荡充分重悬组织沉淀在■150μL ▲240μL裂解液PKD中,短暂离心收集液体到管底,加10μL蛋白酶K,吹打混匀。
- 55℃孵育15分钟,然后80℃孵育15分钟。
- 55℃孵育后,可以将离心管取出放置在室温,等水浴锅温度升到80℃后再放入水浴锅,精确的孵育15分钟。即使2分钟的延长也可能导致RNA的部分降解。
- 加入■320μL ▲500μL结合液RBC,充分吹打混匀调节结合条件。
- 立刻将混合物加入一个基因组DNA清除柱中,(清除柱放入收集管中)14000rpm离心30秒,保留滤过液(RNA在滤过液中)。
- 应避免吸到可能有的较大的未消化完全的絮团物质上柱子,以免堵塞离心柱。
- 加入■1120μL ▲1750μL无水乙醇到滤过液中,立即吹打混匀,不要离心。
- 如果加1750μL无水乙醇,应先将滤过液转到容量超过3mL的离心管后再加入。
- 立刻将混合物(每次小于700μL,多可以分多次加入)加入一个RNA吸附柱RA中,(吸附柱放入收集管中)13000rpm离心30秒,弃掉废液。
- 加入500μL漂洗液RW(请先检查是否已加入无水乙醇!),12000rpm离心30秒,弃掉废液。加入500μL漂洗液RW,重复一遍。
- 将吸附柱RA放回空收集管中,13000rpm离心2分钟,尽量除去漂洗液,以免漂洗液中残留乙醇抑制下游反应。
- 取出吸附柱RA,放入一个RNase free离心管中,根据预期RNA产量在吸附膜的中间部位加30μL RNase free water(事先在70~90℃水浴中加热可提高产量),室温放置1分钟,12000rpm离心1分钟。
- 洗脱体积越大,洗脱效率越高,如果需要RNA浓度较高,可以适当减少洗脱体积,如果需要RNA浓度高,可以将洗脱液放回吸附柱RA,再洗脱一遍。
- 预防RNase污染,应注意以下几方面:
- 经常更换新手套。因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。
- 使用无RNase的塑料制品和枪头避免交叉污染。
- RNA提取过程中应使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150℃烘烤4小时,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10分钟,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
- 配制溶液应使用无RNase的水。(将水加入到干净的玻璃瓶中,加入DEPC至终浓度0.1%(v/v),37℃放置过夜,高压灭菌。)
- 经常更换新手套。因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。
- 关于DNA的微量残留:
一般说来任何总RNA提取试剂在提取过程中无法完全避免DNA的微量残留(DNase消化也无法做到100%无残留),本试剂盒,由于采取了本公司独特的缓冲体系和基因组DNA清除柱技术,绝大多数DNA已经被清除,可直接用于反转录PCR和荧光定量PCR。个别特殊情况如DNA含量过于丰富造成残留或者要进行严格的mRNA表达量分析荧光定量PCR,我们建议在进行模板和引物的选择时:- 选用跨内含子的引物,以穿过mRNA中的连接区,这样DNA就不能作为模板参与扩增反应。
- 选择基因组DNA和cDNA上扩增的产物大小不一样的引物对。
- 选用跨内含子的引物,以穿过mRNA中的连接区,这样DNA就不能作为模板参与扩增反应。
- RNA纯度及浓度检测:
- 完整性:RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度1.2%;0.5×TBE电泳缓冲液;150v,15分钟)检测完整性。由于石蜡包埋组织福尔马林固定和包埋过程中一般由于RNA与蛋白反应交联会导致RNA断裂或者降解,一般电泳后UV下只能看到模糊弥散(smear)带型,随着储存的时间越长,降解断裂越严重,甚至只能看到峰值仅仅在100bp左右的模糊条带。这都属于RNA提取正常情况。
- 纯度:OD260/OD280比值是衡量蛋白质污染程度的参考指标。高质量的RNA,OD260/OD280读数(10mM Tris,pH7.5)在1.8~2.1之间。OD260/OD280读数受测定所用溶液的pH值影响。同一个RNA样品,假定在10mM Tris,pH7.5溶液中测出的OD260/OD280读数1.8~2.1之间,在水溶液中所测读数则可能在1.5~1.9之间,但这并不表示RNA不纯。
- 浓度:取一定量的RNA提取物,用RNase-free水稀释n倍,用RNase-free水将分光光度计调零,取稀释液进行OD260,OD280测定,按照以下公式进行RNA浓度的计算:终浓度(ng/μl)= (OD260)×(稀释倍数n)×40
- 完整性:RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度1.2%;0.5×TBE电泳缓冲液;150v,15分钟)检测完整性。由于石蜡包埋组织福尔马林固定和包埋过程中一般由于RNA与蛋白反应交联会导致RNA断裂或者降解,一般电泳后UV下只能看到模糊弥散(smear)带型,随着储存的时间越长,降解断裂越严重,甚至只能看到峰值仅仅在100bp左右的模糊条带。这都属于RNA提取正常情况。
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